RNA病毒的遗传物质由核糖核酸组成(RNA ribonucleic acid),通常核酸是单链的(ssRNA single-stranded RNA),也有双链的(dsRNA double-stranded RNA).单链的RNA病毒根据他们的翻译意义可分为正译、负译和双向翻译的RNA病毒,正译的RNA病毒与mRNA相似,可以直接被宿主细胞翻译成蛋白质;负译RNA病毒则需要借助RNA酶的作用,以自身为模板编译出与原病毒相反义的RNA,之后再以此RNA来翻译成蛋白质。
很多重要的病毒属于RNA病毒,如各种流感病毒、多种腹泻病毒、艾滋病的HIV病毒等。因此研究RNA病毒的基因组至关重要。
即使在单纯感染的情况下,RNA病毒基因组的研究难点也比较多。比如内外源RNA酶无处不在,RNA降解风险很大,从而导致文库构建和测序拼接难度增加;大量宿主rRNA在提取过程种无法去除,导致测序数据有效利用率极低;分节段的核酸结构和重复序列为拼接带来困难等等。
对于以上问题,大部分可以在探普的实验和分析平台得到解决。研究人员无需像传统测序一样将RNA进行反转录和PCR,甚至切胶纯化,只需要将RNA寄送给探普即可。需注意尽量富集病毒核酸,排除宿主污染;样本处理和运送过程尽量保证低温以减少降解风险即可。
探普为病毒样本准备了完善的送样指南文档,联系工作人员即可获得。微信/电话:13166221237;QQ:380467011. 联系人:喻利。
病毒测序的流程图如下(不定时更新,仅供参考):