国际病毒分类委员会(ICNV)第七次报告(1999),将所有已知的病毒根据核酸类型分为DNA病毒——单股DNA病毒,DNA病毒——双股DNA病毒,DNA与RNA反转录病毒,RNA病毒——双股RNA病毒,RNA病毒——单链、单股RNA病毒,裸露RNA病毒及类病毒等八大类群。此外,还增设亚病毒因子一类。这个报告认可的病毒约4000种,设有三个病毒目,64个病毒科,9个病毒亚科,233个病毒属,其中29个病毒属为独立病毒属。亚病毒因子类群,不设科和属。包括卫星病毒和prion(传染性蛋白质颗粒或朊病毒)。一些属性不很明确的属称暂定病毒属。
DNA病毒基因组有链状和环状,链状DNA有单链和双链之分,其基因组从几kb到上百kb不等。对于数十以及上百kb的DNA病毒,用传统的测序方法成本非常高。DNA病毒的测序分析难点在于导致疫病的病毒的宿主的基因组通常很大,宿主基因组DNA会严重干扰影响数据有效率,高GC区域在文库构建过程种的PCR可能会因为偏好性而丢失片段;大量重复片段对于拼接工作也有很大影响。
在探普实验室有针对困难样本的实验方案,针对病毒优化的生物信息学分析方法也可以解决绝大部分拼接困难。研究人员只需要尽量富集病毒核酸,降低宿主污染,无需PCR,将DNA寄送至探普实验室即可。
探普为病毒样本准备了完善的送样指南文档,联系工作人员即可获得。微信/电话:13166221237;QQ:380467011. 联系人:喻利。
病毒测序的流程图如下(不定时更新,仅供参考):